在這次口袋妖怪紅寶石中，除了有新的神奇寶貝登場之外，另外兩個版本中登場的神秘組織敵人也都不一樣。雖然在兩個版本中準備有同樣內容的劇情故事，但各場景的角色、對白都可以各自替換。而且游戲一開始時玩家還可以自由選擇主角的性別，依玩家性別不同，另一個性別主角也會以游戲中幫助主角的博士小孩身份登場，并向主角進行口袋妖怪的挑戰。玩家必須打敗他才能拿到會自動記錄游戲資料的妖怪圖鑒與捕捉妖怪的捕捉球。
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